O HUB-AF possui uma estrutura de governança tripartite composta por representantes do Ministério da Saúde, CONASS e CONASEMS. Essa estrutura conta com o Subgrupo Tripartite como instância deliberativa, que sob a coordenação do DAF/SCTIE é responsável pela avaliação técnica das adesões ao HUB, assim como das contribuições dos membros da Comunidade de Contribuidores do InovaAF, que participam do desenvolvimento evolutivio de forma colaborativa das soluções digitais priorizadas para a Assistência Farmacêutica. Todas as decisões são formalizadas em reuniões ordinárias ou sessões extraordinárias convocadas conforme a necessidade pactuada entre seus membros titulares e submetida a coordenação do InovaAF.